Le gouvernement justifie ses tactiques autoritaires par la crainte d'une répétition du génocide qui a marqué les années 1990, et par la nécessaire préservation de la paix sociale.
La gouvernance du Président Kagame devient de plus en plus autoritaire. Les médias sont contrôlés, la Constitution a été changée pour qu’il reste en place. La surveillance étatique s'étend à la vie religieuse et la liberté de religion est limitée par des complexités bureaucratiques, au nom de la sécurité et de l'ordre public.
Bien que le pays soit à majorité chrétienne, mais le régime regarde avec méfiance toute forme d’association ou de rassemblement. Les réglementations bureaucratiques entraînent des fermetures massives de lieux de culte (120 églises fermées en 2023) et alimentent un environnement où les responsables religieux sont surveillés. Les transactions financières des organisations religieuses sont aussi suivies de près par les autorités.
Le processus d’enregistrement des églises est rendu extrêmement compliqué. Les autorités interfèrent dans le choix des responsables d’églises et même dans le contenu des enseignements religieux. Le gouvernement désire que toutes les églises du pays lui apportent leur soutien, mettant ainsi la pression sur celles qui voudraient exprimer leur désaccord.
Les agents de sécurité effectuent régulièrement des perquisitions injustifiées au domicile des responsables d'églises, ce qui contribue à créer une atmosphère de malaise et de méfiance.
L’hostilité envers les dénominations chrétiennes non traditionnelles est particulièrement prononcée. Ceux qui quittent le catholicisme pour des dénominations non traditionnelles sont souvent ostracisés par leur famille.
C’est surtout à Kigali, la capitale, que la persécution se fait sentir ces dernières années, surtout contre les églises évangéliques et pentecôtistes.
Les premiers missionnaires au Rwanda furent les Pères Blancs, à partir de 1900. Puis vinrent des luthériens allemands, qui ont pu, avant leur départ en 1918, publier les quatre Évangiles dans la langue locale. Les Belges contrôlant le pays, ils laissèrent venir d’autres missionnaires. La majorité des écoles du pays furent fondées par les catholiques, qui les gèrent encore aujourd’hui.
Musulmans, Témoins de Jéhovah.
