Au Honduras, les chrétiens qui sont considérés comme une menace pour les intérêt des groupes criminels s'exposent à de violentes réactions.
La criminalité est surtout liée aux trafics de drogues, à l’extorsion de fonds et à la mainmise des industries extractives sur les terres agricoles. Certaines zones du pays sont cooptées par des groupes criminels. Les chrétiens qui refusent de se plier à leurs demandes (par conviction religieuse ou par leur engagement social) sont vus comme des obstacles à leurs activités criminelles. Dès lors, leur vie est en danger. Les institutions gouvernementales sont impuissantes face à cette violence.
Dans les régions contrôlées par les groupes criminels nationaux ou salvadoriens, les chrétiens qui ne s'alignent pas sur leurs intérêts illicites peuvent subir du harcèlement, des extorsions, des passages à tabac ou recevoir des menaces de mort.
Divers gangs et groupes criminels actifs au Honduras (trafiquants d'êtres humains, contrebandiers, narcotrafiquants), sont ainsi responsables de 11 meurtres de chrétiens et de 9 attaques d'églises.
Les pasteurs et leurs familles ont également été menacés de mort lorsqu'ils ont refusé de payer des frais d'extorsion ou de collaborer à des activités criminelles. Ou lorsqu'ils ont continué à mener des activités humanitaires ou même des activités pour la jeunesse impliquant d'anciens membres de gangs, repentis et convertis depuis au christianisme, sur des territoires contrôlés par des gangs et des groupes criminels.
Ces anciens membres qui sont devenus chrétiens peuvent être particulièrement ciblés par leur gang.
La hausse du score de la persécution s’explique par une augmentation du niveau de violence déjà extrêmement élevé et par une augmentation de la pression dans les sphères de vie privée, sociale et ecclésiale.
Atlantida, Choluteca, Colon, Comayagua, Copan, Cortes, El Paraiso, Francisco Morazan, Gracias a Dios, La Paz, Lempira, Olancho, Santa Barbara et Yoro sont le théâtre de persécutions contre les chrétiens.
Des prêtres catholiques sont arrivés avec la colonisation espagnole et une messe a été célébrée dès le 14 août 1502. Puis des franciscains ont évangélisé les Amérindiens. En 1768, Christian Frederick Post, un anglican, a commencé à prêcher aux anglophones de la Côte des Mosquitos, sur le littoral Nord-Est du pays. Des missionnaires évangéliques sont arrivés par la suite.
Mars 2022- 2 chrétiens ont été abattus par les gangs criminels.